Correspondence between symmetric NMF, k-means, biclustering and spectral clustering

August 31, 2022

Non-negative matrix factorization (NMF) is the most fashionable method of matrix decomposition among productive, but mathematically illiterate biology students, much more popular than PCA due to its perceived simplicity. However, if you start digging deeper, it happens to have profound connections to a multitude of other techniques from linear algebra and matrix analysis. In this post I discuss those connections.

How DeepMind AlphaFold2 works?

December 25, 2021

I believe that DeepMind AlphaFold2 and Github Co-pilot were among the most prolific advances of technology made in 2021. Two years after their initial breakthrough, DeepMind released the second version of their revolutionary system for protein 3D structure prediction. This time they basically solved the 3D structure prediction problem that held for more than 50 years. These are the notes from my detailed talk on the DeepMind AlphaFold2 system.

Survival analysis - survival function, hazard rate, cumulative hazard rate, hazard ratio, Cox model

June 11, 2021

Here I discuss the statistics apparatus, used in survival analysis and durability modelling.

Data structures for efficient NGS read mapping - suffix tree, suffix array, BWT, FM-index

June 10, 2021

In Next-Generation Sequencing bioinformatics there is a problem of mapping so-called reads - short sequences of ~100 nucleotides - onto a full string that contains them - the reference genome. There is a number of clever optimizations to this process, which I consider in this post.

DeepMind - Презентация AlphaFold в EBI

February 07, 2019

Два месяца назад весь мир облетела новость, что DeepMind выиграл известное соревнование по предсказанию 3D-структур белков CASP, порвав всех биоинформатиков с впечатляющим отрывом. Многие люди из мира биотеха теперь пытаются осознать, 'что это было'? Революция или эволюция, наука или инженерия, талант или финансирование? Волею судеб я когда-то оказался совсем недалеко от этой области науки, поэтому потратил несколько дней чтобы разобраться в деталях - а между тем в EBI приехал наводить мосты ведущий инженер проекта Эндрю Сеньор из DeepMind.

Встреча с Обри де Греем

November 10, 2018

Поглядел наконец живьем на главного геронтологического оптимиста.

20 примеров - как и на что живут РНК-биоинформатики?

October 19, 2018

Только что прошел мой второй RNAcentral consortium meeting, и это было настолько интересное мероприятие с точки зрения понимания того, как устроен мир, что я не могу не поделиться этой информацией.

Мир МедТеха

January 23, 2018

В конце прошлой недели я был на хакатоне по медицинской технике и получил массу знаний и впечатлений. Это совершенно другой мир, который живёт под девизом "Health & Wealth" и держится на патентах и контактах.

Congenica

September 21, 2017

Вчера был на семинаре основателей Congenica - компании, занимающейся медицинской генетикой врождённых болезней. Выступали двое из пяти или шести её основателей Ник Ленч и Энди Ричардс, и самое мощное впечатление произвёл Ричардс, с которым я после этого побеседовал.

Babraham Institute

July 05, 2017

Как устроена жизнь простого российского мол. биолога я примерно представляю. Денег нет - денег нет - денег нет - денег нет - да ну нафиг, пойду в Мерк... \n Посмотрел, как она устроена у английского. В каком-то смысле совсем по-другому, в каком-то - точно так же...